Yksi ensimmäisistä merkittävistä kysymyksistä vuoden 1907–1908 valtiopäivillä koski epävirallista kiistaa eduskunnan istumajärjestyksestä. Sosialistit kiirehtivät istuntosaliin ensimmäisinä ja ottivat paikkansa vasemmalta. Ruotsalaisen kansanpuolueen edustajat asettuivat äärimmäiselle oikealle. Vanhasuomalaiset ja nuorsuomalaiset järjestäytyivät siten, että vanhasuomalaiset istuivat lähempänä sosialisteja ja nuorsuomalaiset heistä oikealle.
Maalaisliittolaiset sen sijaan jäivät aluksi istumaan hajanaisesti eri puolille salia, kunnes istumapaikat myöhemmin virallisesti järjestettiin. Puolueen paikaksi vakiintui istuntosalin takaosassa sijainnut pieni, neliönmuotoinen alue vanhasuomalaisten ja sosialistien välissä. Asemointi oli monessa mielessä osuva, sillä Santeri Alkion arvion mukaan Maalaisliitto sijoittui eduskuntatyössään kannanotoillaan ja toiminnallaan muiden ryhmien keskelle.
Maalaisliitto oli eduskunnassa aluksi muille puolueille eräänlainen kysymysmerkki. Sitä pidettiin yleisesti vanhoillisena puolueena, johon katsottiin sisältyvän taantumuksellisia piirteitä. Agraarisuus miellettiin taantumukselliseksi, sillä muuallakin maailmassa agraaripuolueet nähtiin sellaisina. Jotkut pitivät Maalaisliittoa jopa nuorsuomalaisten alaosastona. Kun puolueessa ei ollut ”oppineita” miehiä eikä yhtään poliittista suuruutta, sen arvostus muiden silmissä oli alhainen. Pian ryhmää alettiin kuitenkin moittia oikeistolaisten taholta liiallisesta kansainvaltaisuudesta.
Kaikesta huolimatta Alkio katsoi Maalaisliiton olleen edistysmielinen, kansanvaltainen ja vapaamielinen maalaispuolue, ja sellaiseksi se vähitellen myös tunnustettiin muiden ryhmien taholta. Eduskuntatyössään Maalaisliitto pyrki ajamaan lainsäädännöllisiä uudistuksia, jotka turvaisivat myös vähempiosaisille riittävät mahdollisuudet yrittämiseen. Hyvinvoinnin ehtona nähtiin se, että sivistyneistön ja ”varsinaisen kansan” välille syntyisi vahva yhteisen edun tunne ja että valtio- ja yhteiskuntaelämän oikeudet järjestettäisiin tarkoituksenmukaisesti.
Vuosina 1907–1909 pidetyillä valtiopäivillä ei vielä ryhdytty laatimaan eduskuntaryhmän sääntöjä, vaikka ryhmä ei äänestänytkään kaikissa tärkeissä kysymyksissä yksimielisesti. Ankaran puoluekurin harjoittamista haluttiin välttää erityisesti asioissa, joihin puolueohjelmassa ei ollut otettu kantaa. Lisäksi ajanpuute esti usein yhteisen näkemyksen muodostamisen laajoissa lakiehdotuksissa. Näissä tilanteissa edustajat äänestivät omantuntonsa ja vakaumuksensa mukaan.
Se, että ryhmä toimi pitkään ilman järjestyssääntöä ja pyrki vapaaehtoiseen yksimielisyyteen, johtui todennäköisesti vastenmielisyydestä edustajan vapautta liikaa sitovaa puoluekuria kohtaan. Käytäntö vastasi talonpoikaista perinnettä, jossa korostettiin vapaan ja itsenäisesti ajattelevan miehen oikeuksia, ja se oli sopusoinnussa SML:n kriittisen suhtautumisen kanssa puoluevaltaa kohtaan. Maalaisliittolaiset katsoivat edustavansa maalaiskansan ajatuksen vapautta ja puoluediktatuurista vapaata politiikkaa.
Ensimmäisiin kurinpidollisiin toimiin ryhmän jäsentä kohtaan ryhdyttiin vuoden 1909 toisilla valtiopäivillä. Oulun läänin eteläisestä vaalipiiristä valittu kansakoulunopettaja Artturi Laitinen suljettiin ryhmän toiminnasta sen jälkeen, kun hän eduskuntaryhmän ja syksyn 1909 puoluekokouksen päätöksellä joutui eroamaan puolueesta. Syynä oli Oulussa ilmestyneen Kansan Tahdon julkaisema valitus, joka oli tehty kansakoulutarkastajalle ja koski Laitisen väitettyä epäsiveellistä käyttäytymistä opettajan virassa.
Eduskuntaryhmä vaati Laitista pyytämään vapautusta edustajantoimestaan ja luopumaan paikastaan varaedustajan hyväksi. Laitinen ei tähän suostunut, vaan piti häneen kohdistettuja syytöksiä liioiteltuina. Hän jatkoi eduskunnan hajotuksen vuoksi lyhyeksi jääneen valtiopäiväkauden loppuun edustajana ilman ryhmää. Hänen toimintansa kävi kuitenkin käytännössä vaikeaksi, sillä muut edustajat alkoivat kolistella äänekkäästi hänen puhuessaan ja poistuivat istuntosalista hänen puheenvuorojensa ajaksi.
Samoilla valtiopäivillä ryhmän raittiusmiesten taholta läksytyksen kohteeksi joutui myös edustaja K. K. Pykälä. Kesällä kokoontuneiden valtiopäivien aikana Pykälä lähti maaseudulla tuolloin yleisen tavan mukaisesti ulos vilvoittelemaan paljain jaloin. Häntä vastaan sattui tulemaan maatalousasioihin erikoistunut sosialistikansanedustaja Sulo Vuolijoki, ja kaksikko päätti poiketa ravintola Königiin nauttimaan väkijuomia. Ovella vahtimestari päästi ravintolassa jo ennestään tutut kansanedustajat sisään, vaikka vilkaisi Pykälän pölyisiä varpaita.
Lasien ääressä aika kului niin nopeasti, että ehtiäkseen eduskunnan istuntoon Pykälän oli mentävä sinne paljain jaloin. Tapaus herätti laajaa huomiota sekä kotimaassa että ulkomailla. Maalaisliiton lehdissä asiaa kuitenkin vähäteltiin ja ihmeteltiin sen synnyttämää kohua. Pykälää moitittiin tahdittomuudesta ja eduskunnan arvovallan heikentämisestä, mutta hänen puolustajansa näkivät hänet yksinkertaisten ja kansanomaisten tapojen esitaistelijana.
Tapaukseen liittyy myös toinen tarina. Kerrottiin, että yksikamarisen eduskunnan alkuaikoina eräs ryhmän jäsen oli ottanut ”naukkuja” ja saapunut eduskunnan istuntosalin eteiseen istunnon alkaessa. Kun Alkio havaitsi miehen olevan selvästi ”liikuttuneessa tilassa”, hän tarttui sanaakaan sanomatta tätä olkapäästä, talutti hänet ulos ja antoi siellä sellaisen ripin, ettei miehen kerrottu halunneen toiste yrittää eduskuntaan samassa kunnossa. Alkion sanottiin tuolloin olleen saman näköinen kuin Kristus temppeliä puhdistaessaan.
Pykälän tapaus ei vähentänyt hänen kannatustaan. Päinvastoin hän kertoi saaneensa postitse kansalaisilta suuren määrän enemmän tai vähemmän käytettyjä kenkiä ja sukkia sekä jalkojen pesuun tarkoitettua saippuaa. Eräs lukkari, joka oli lähettänyt aivan uudet sukat, tuli myöhemmin katumapäälle ja pyysi niitä takaisin. Pykälä kertoi noudattaneensa kohtuulliseksi katsomaansa toivomusta ja palauttaneensa sukat. Tosin niihin olivat kengät ehtineet kuluttaa suuret reiät, mutta varret olivat hänen mukaansa vielä verrattain käyttökelpoiset.