Amnestiakysymyksen eteneminen vuosina 1919–1921 perustui olennaisesti sosialidemokraattien aloitteellisuuteen ja keskustaporvarien antamaan tukeen. Oikeisto vastusti armahduksia tai suostui niihin vain siinä muodossa, että tuomioita tarkistettiin oikeusteitse. Kansallisen eheytymisen ja Suomen sisäpolitiikan suuri linja kuitenkin kietoutui ratkaisevasti sovinnon ajatukseen. Porvarillisilla keskustavoimilla oli keskeinen rooli siinä, että ensimmäinen tasavalta ohjautui sovintopolitiikan tielle.
Sisällissota koettiin niin tasavaltalaisen keskustan kuin monarkkisen oikeistonkin piirissä suurena kansallisena onnettomuutena, jopa häpeänä. Maalaisliitossa kapinaa tulkittiin ennen kaikkea epäonnisten poliittisten olosuhteiden seuraukseksi: Venäjän vallankumous, yhteiskunnallisten uudistusten viivästyminen ja niistä kasautunut jännite loivat maaperän tragedialle.
Keskusta uskoi kansallisen sovinnon mahdollisuuteen ja uudistuspolitiikan eheyttävään, parantavaan voimaan. Siksi se ei halunnut lukkiutua valkoisen ja punaisen Suomen väliseen pysyvään vastakkainasetteluun, vaan pyrki rakentamaan tulevaisuutta, jossa menneisyyden haavat voitaisiin vähitellen umpeuttaa.
Alkion poliittisessa ajattelussa kansallisen yhteisymmärryksen unelma oli keskeisessä asemassa, mutta koko Maalaisliiton suhtautuminen sovinnon periaatteeseen ei ollut yhtä yksiselitteistä. Tämä ilmeni esimerkiksi joulukuussa 1919 käsiteltäessä armahduslakia. Sitä vastustaneeseen eduskuntavähemmistöön kuului myös maalaisliittolaisia. Julkinen erimielisyys näin merkittävässä kysymyksessä oli luonnollisesti kiusallista ja osoitti, että sovinnon tie ei ollut täysin yhtenäinen tai suoraviivainen puolueen sisällä.
Maalaisliitto oli jo syksyllä 1918 selvästi pehmentänyt kantaansa armahduksiin ja tuki vuoden lopulla toteutettuja laajoja vapautuksia. Sosiaalidemokraattien palattua eduskuntaan he ryhtyivät ajamaan yleistä amnestiaa, jonka ulkopuolelle olisivat jääneet ainoastaan murhiin ja murhapolttoihin syyllistyneet. Keskiryhmät suhtautuivat armahduksiin periaatteessa myötämielisesti, mutta eivät olleet valmiita hyväksymään sosialidemokraattien esittämää, näin laajaa ratkaisua. Maalaisliiton eduskuntaryhmä oli erityisesti Alkion vaikutuksesta omaksunut jo syksyllä 1918 linjan, jonka mukaan murhamiesten lisäksi myös kapinaan kiihottajat ja kapinan johtohenkilöt tuli jättää amnestian ulkopuolelle.
Ajatus punaisen ja valkoisen terrorin tasapuolisesta tutkimisesta ja tuomitsemisesta sai kannatusta Maalaisliiton eduskuntaryhmässä. Lähtökohtana oli käsitys siitä, että laillisuuden ja oikeudenmukaisuuden tuli toteutua johdonmukaisesti. Rikosten puolueeton käsittely ja punaisten tuomioiden tarkistaminen nähtiin keinona vahvistaa parlamentarismiin nojaavan sosialidemokratian asemaa työväenliikkeessä ja siten edistää todellista demokratiaa. Samalla uskottiin, että tällainen menettely parantaisi sisällissodan seurauksena ulkomailla tahrautunutta Suomen mainetta. Talonpoikien omaatuntoa murhatutkimukset eivät horjuttaisi, vaan päinvastoin kestäisivät ne hyvin. Maalaisliiton eduskuntaryhmä tyytyi siihen, että erillistä tutkijakomissiota ei asetettu, kun välikysymyskeskustelusta kehkeytyi kiihkeä veljessodan jälkipyykki.
Armahdukseen nihkeimmin suhtautuneet oikeistoagraarit korostivat, että uusi kapina oli heidän mielestään jo valmisteilla, kun rajaseudut ”kuhisivat” bolševikkiagentteja ja kumouksellinen työväestö liikehti levottomasti. Tällaisessa turvallisuuspoliittisesti kireässä tilanteessa punaisten komppaniapäälliköiden vapauttamista pidettiin edesvastuuttomana. Eduskuntaryhmä horjui toisaalta uuden kapinan pelon, toisaalta kansallista sovintoa tavoittelevan politiikan välillä. Lopulta enemmistö kuitenkin kypsyi armahduksen myöntämiseen. Vuoden 1919 armahduslain jälkeen Maalaisliitto suhtautui lisäarmahduksiin jo pidättyvämmin, koska ryhmän arvion mukaan oikeus ja kohtuus oli tältä osin pitkälti toteutunut.