Loppukesällä ja syksyllä 1930 kyyditykset ja muut väkivaltaisuudet lisääntyivät tuntuvasti. Eduskunta ei ollut hyväksynyt kommunistilakeja Lapuan liikkeen heinäkuussa esittämien vaatimusten mukaisesti, mikä kiihdytti liikkeen toimintaa entisestään. Samalla maalaisliitossa alkoivat näkyä yhä selvemmät merkit etääntymisestä. Puolueen lehdistössä, johtomiesten puheissa ja vaalityössä korostettiin aiempaa painokkaammin laillisuuden ja järjestyksen merkitystä. Kommunismi ja huliganismi tuomittiin edelleen, mutta rinnalle nousi yhä selvempi vaatimus väkivaltaisten ja lainvastaisten toimintatapojen torjumisesta.
Keskeinen vaikutus puolueen linjanmuutokseen oli Kyösti Kallion asenteella. Eduskunnan puhemiehen Väinö Hakkilan kyydityksen jälkeen Kallio asettui jyrkästi Lapuan liikkeen toimintaa vastaan. Hänen esimerkkinsä vahvisti puolueessa käsitystä siitä, että väkivalta ja lainvastaiset menettelyt olivat ristiriidassa maalaisliiton peruslinjan kanssa. Puolueen johto alkoi yhä selvemmin korostaa, ettei laillisen järjestyksen puolustamisesta voitu tinkiä missään tilanteessa.
Muilutusten jatkuessa syksyn mittaan yhä useammat maalaisliittolaiset joutuivat tarkistamaan käsityksiään Lapuan liikkeestä. Monille kävi vähitellen ilmeiseksi, että kommunisminvastaisen liikkeen sisäinen jakautuminen oli syventynyt ratkaisevaksi. Oikeistoradikaalit olivat saaneet liikkeessä määräävän aseman ja muovasivat siitä yhä selvemmin antiparlamentaarista ja suoraan toimintaan tukeutuvaa voimaa. Näissä oloissa toiveet siitä, että liike voitaisiin palauttaa laillisia menettelytapoja kunnioittavalle uralle, alkoivat hiipua.
Maalaisliiton irtautuminen Lapuan liikkeestä ei kuitenkaan tapahtunut kaikkialla samaan tahtiin. Nopeimmin etääntyivät ne, jotka olivat suhtautuneet liikkeeseen varauksellisesti jo aiemmin. Puolueen laillisuuslinjaa korostaneeseen ryhmään kuuluivat muun muassa Kyösti Kallio, Uuno Hannula, K. A. Lohi, Juho Niukkanen, Viljami Kalliokoski, Antti Kukkonen, Vihtori Vesterinen ja Juhani Leppälä. Myös monet keskeiset puoluelehdet, kuten Suomenmaa, Pohjolan Sanomat, Kainuun Sanomat ja Karjalan Maa, siirtyivät selvästi irtautumista tukevalle kannalle.
Toisaalta osa puolueen oikeistosuuntauksesta pysyi pidempään Lapuan liikkeen vaikutuspiirissä. Erityisen vaikeaa irtautuminen oli niille johtohenkilöille, jotka olivat olleet mukana liikkeen alkuvaiheissa, kuten Artturi Leinonen ja Albin Manner. Samoin Etelä-Pohjanmaan kansanedustajien oli vaikea ottaa etäisyyttä liikkeeseen, sillä heidän valitsijakunnissaan oli runsaasti sen kannattajia. Puolueessa oli myös niitä, jotka uskoivat vielä liikkeen mahdolliseen maltillistumiseen. He myönsivät sen tehneen virheitä, mutta katsoivat sen edelleen olevan tarpeellinen kommunisminvastainen voima.
Ruohonjuuritasolla osa maalaisliittolaisista ajautui jopa oikeistoradikaalien puolelle, usein ilman pitkää poliittista kokemusta. Tämä kehitys jäi kuitenkin melko rajalliseksi. Puolueen piirijärjestöjen johto, sanomalehtimiehet ja eduskuntaryhmä pysyivät pääosin erossa suorasta toiminnasta. Maalaisliiton kansanedustajista vain E. A. Tuomivaara siirtyi pysyvästi oikeistoradikaalien joukkoon.
Ratkaiseva käänne tapahtui, kun entinen presidentti K. J. Ståhlberg ja hänen puolisonsa kyydittiin lokakuussa 1930. Tapaus herätti puolueessa syvän tyrmistyksen ja synnytti laajasti tunteen siitä, että raja oli ylitetty. Puolueen lehdistö alkoi vaatia avoimesti välitöntä irtautumista Lapuan liikkeestä. Kun kommunistilait lopulta hyväksyttiin eduskunnassa, liikkeen merkitys Maalaisliitolle väheni entisestään.
Maalaisliitto vahvisti lopullisen kantansa ylimääräisessä puoluekokouksessa 29.–30. marraskuuta 1930. Kokous teki selväksi, ettei puolue hyväksynyt toimintaa, jossa laittomin keinoin pyrittiin vaikuttamaan valtiolliseen päätöksentekoon tai rajoittamaan laillisten valtioelinten toimintavapautta. Puolueen jäseniltä edellytettiin tällaisten pyrkimysten vastustamista, ja tarvittaessa järjestöjä kehotettiin ryhtymään kurinpitotoimiin sääntöjä rikkovia jäseniä vastaan. Maalaisliiton johto, lehdistö ja aktiivinen jäsenistö olivat löytäneet yhteisen linjan, jossa korostuivat parlamentarismin, laillisuuden ja poliittisen maltin periaatteet. Vaikka vivahde-eroja puolueen sisällä edelleen esiintyi, peruslinja oli selkiytynyt.
Maalaisliiton ratkaisu osoittautui merkittäväksi myös laajemmin Suomen poliittisessa kehityksessä. Talonpoikaisväestön tuki oli keskeinen tekijä kommunisminvastaisessa liikkeessä, ja juuri tämän väestöryhmän irtautuminen oikeistoradikaalista suuntauksesta heikensi ratkaisevasti sen mahdollisuuksia. Maalaisliiton vaikutuksesta talonpoikaisväestö pysyi pääosin parlamentaarisen järjestelmän piirissä. Näin puolueesta tuli tärkeä vastavoima oikeistoradikalismille aikana, jolloin vastaavat liikkeet vahvistuivat monissa Euroopan maissa. Suomessa radikalismi ei saanut pysyvää jalansijaa maaseudulla, ja demokraattinen järjestys säilyi vakaampana kuin monissa muissa aikakauden valtioissa.