Maalaisliitto näki sodassa mitä konkreettisimmin taisteltavan oman maan puolesta. Suomen joukkojen eteneminen Karjalaan nostatti siirtoväessä voittamattoman kaipuun palata entisille asuinsijoilleen. Viranomaiset joutuivat suostumaan paluuseen mahdollisimman nopealla aikataululla, koska väki ei kerta kaikkiaan suostunut jäämään yhtään pitempään kuin oli välttämätöntä tilapäisiin sijoituspaikkoihinsa. Pika-asutustilan saaneistakin vain vajaa tuhat jäi paikoilleen.
Emil Luukan johtama Karjalan Liiton lähetystö luovutti jo kesäkuun viimeisenä päivänä muistion ”uuden karjalaiskysymyksen” järjestämisestä Risto Rydille ja Jukka Rangellille. Samana päivänä siirtoväen huollon keskuksen johtaja Urho Kekkonen esitti muistionsa Karjalan tulevasta siviilihallinnosta. Jo elokuun puolivälissä ensimmäiset siviilit palasivat Karjalaan, ja seuraavan vuoden puolella käynnistyi varsinainen joukkopaluu.
Siirtoväen paluusta vallitsi yksimielisyys. Karjala oli päätetty ottaa takaisin. Kun se nyt oli otettu ja eduskunta oli juhlallisesti palauttanut sen Suomen yhteyteen, asukkaiden paluu oli itsestään selvää. Ongelmatonta se ei tietenkään ollut. Ongelmat ymmärsivät toiset paremmin kuin toiset.
Maalaisliitto esiintyi jälleen siirtoväen tärkeimpänä edunvalvojana. Puolueen asema näkyi siinäkin, että siirtoväen asioista huolehtimaan määrättiin yleisesti maalaisliittoon lukeutuvia virkamiehiä, joihin karjalaisten voitiin olettaa parhaiten luottavan.
Kekkonen tuli talvisodan aikana siirtoväen huollon johtajaksi, ja tässä tehtävässä hän saattoi sisäministeriön osastopäällikkönä auttaa siirtoväkeä monin tavoin muiden viranomaisten vaateiden kohtuullistamisessa. Nuori agronomi Johannes Virolainen johti vuosina 1939–1941 kansanhuoltoministeriön Viipurin piiritoimistoa, ja vuonna 1941 hänet määrättiin luutnantin arvoisena päämajan sotilashallinto-osaston väestönsiirtotoimiston päälliköksi.
Kun väestön paluu pääsi käyntiin, järjestelyt nojasivat kuntiin. Kunnanesikuntien ja sotilashallinto-osaston yhdysmieheksi nimitettiin kansanedustaja Emil Luukka. Maatalousministeriön alaisessa palautettujen alueiden neuvottelukunnassa, jota johti maaherra Arvo Manner, maalaisliittolaisia olivat Luukka ja Paavo A. Viding sekä toimistopäälliköksi marraskuussa 1942 komennettu luutnantti Virolainen. Kuntien hoitokunnat, jotka hoitivat siviiliasioita, olivat luonnollisesti vahvasti maakunnan ykköspuolueen miehittämiä.
Hallituksessa jälleenrakennusta käsitteli erityinen pääministerin johtama ministerivaliokunta, jossa maalaisliitolla oli vahva edustus. Rangellin aikana siihen kuuluivat Toivo Ikonen, Viljami Kalliokoski ja Juho Koivisto, Edwin Linkomiehen aikana Tyko Reinikka, Kalliokoski ja Väinö Kaasalainen. Kalliokosken vastuulla oli asuttamiseen liittyvä maatalous.
Toimeenpanon johtoon perustettiin vuonna 1943 maatalousministeriön asutusasiainosastoon (ASO) väliaikainen jälleenrakennustoimisto, jonka johdossa oli lakitieteen lisensiaatti Veikko Vennamo. Hänestä tuli Kalliokosken kutsusta pian Maalaisliiton jäsen. Nuoren karjalaisjuristin nopea nousu agronomien hallitsemalla hallinnonalalla herätti pahaa verta, mutta tahdonvoimainen ja ärhäkkä Vennamo oli erinomaisen onnistunut työtoveri sopuisalle ja maltilliselle Kalliokoskelle.
Eduskunnassakin maalaisliitto oli siirtoväen asioiden hoidon ykköspuolue, vaikka muidenkin puolueiden karjalaisedustajat olivat äänessä. Maalaisliiton periaatteet olivat selvät. Karjalaisten tuli palata asuinsijoilleen, ja heitä oli autettava jälleenrakennuksessa. Kiireellisintä oli maatalouden saaminen tuotantokuntoon. Valtaosa maataloussiirtoväestä palasikin kotiseuduilleen, ja kesällä 1943 lähes kaikki pellot olivat käytössä. Keväällä 1944 Karjalassa asui 280 900 henkeä eli 70 prosenttia vuoden 1939 väkiluvusta. Keski-Karjalassa paluumuutto nousi 80–90 prosenttiin.
Vaikka pääasiasta oltiin yhtä mieltä, eivät kaikki pitäneet jyrkästä linjasta. Lennart Heljas paheksui Juho Niukkasen lausuntoa täysistunnossa 13.3.1941, kun tämä oli lukenut kaikki puolueen päätökset vastikemaa-asiassa. Saman vuoden lopulla iskivät yhteen Niukkanen ja Vihtori Vesterinen, jotka panivat ryhmän pöytäkirjaan vastalauseen toistensa loukkaavasta puhetavasta.
Ilmapiiri oli ajoittain kireä, sillä karjalaiset olivat epäluuloisia ja pelkäsivät ryhmän johdon antavan periksi hallitukselle siirtoväen kysymyksissä. He vaativat omia edustajiaan kaikkiin keskeisiin neuvotteluihin. Helmikuussa 1942 Niukkanen yritti syrjäyttää valtiovarainvaliokunnasta E.M. Tarkkasen, jolta katsoi saaneensa riittämättömästi tukea: ”On nöyryyttävää, kun pitää kerjätä kannatusta muilta.” Kun Niukkanen vielä tokaisi Tarkkasella olevan liikaa tehtäviä, tämä suuttui ja pyysi saada kieltäytyä. Ryhmä kuitenkin äänesti, ja Tarkkanen voitti selvin numeroin (28–12) Niukkasen ehdottaman Kaapro Huittisen. Tilda Löthman-Koponen puolestaan moitti karjalaisten jyrkkyyttä, josta ”Niukkasen maltiton esiintymistapa” oli hänen mukaansa pahana esimerkkinä.
Maalaisliiton lisätty keskushallitus ärähti tehokkaamman asutuspolitiikan puolesta. Asiaan puuttumista perusteltiin myös sillä, että rintamakirjeenvaihto osoitti maakysymysten kiinnostavan suuresti. Lisätty keskushallitus kävi Kalliokosken alustuksen pohjalta vilkkaan keskustelun asutuspolitiikan tulevista suunnista. Eduskuntaryhmä oli asettanut Leppälän johdolla toimikunnan, ja sen ohjelman pohjalta laadittiin julkilausuma. Siinä ei puhuttu erikseen Karjalasta, Itä-Karjalasta puhumattakaan, vaan yleisesti asutuspolitiikasta.
Maalaisliitto totesi, ettei siirtoväen pika-asutusta suunnitellussa muodossa ollut tarpeen jatkaa, mutta siinä saatuja kokemuksia tuli käyttää hyväksi. Siihenastinen asutustoiminta ei ollut ollut teholtaan riittävää. Nyt oli yhteiskuntarakenteen lujittamiseksi ja tuotannon lisäämiseksi hankittava omia tiloja ja lisämaata maata viljeleville ja siihen kykeneville perheille.
Marraskuussa 1941 aloitti työnsä professori K. T. Jutilan johtama komitea suunnittelemaan asutustoiminnan ulottamista muihin maansaantiin oikeutettuihin ryhmiin kuin siirtoväkeen. Mukana olivat myös kansanedustajat Kauno Kleemola, Janne Koivuranta ja Juho Niukkanen. Vuonna 1943 valmistunut mietintö lähti pääasiassa vapaaehtoisuuden pohjalta. Maalaisliitto seurasi komitean työtä ja piti etenkin rintamamiesten maansaantia jatkuvasti esillä. Lisätyn keskushallituksen ja eduskuntaryhmän yhteiskokous otti Hannulan ja Luukan esityksestä vaatimuksen julkilausumaansa helmikuussa 1943.
Korvauslaki jakoi Maalaisliiton karjalaisten täysiä korvauksia vaatineeseen siipeen ja hallitusvastuuta kantaneeseen, kompromisseihin taipuneeseen siipeen. Puolue pyrki puolustamaan siirtoväkeä, mutta joutui sodan aikana hyväksymään valtiontalouden ja hallitusyhteistyön sanelemat rajoitukset.
Korvauslaki jakoi Maalaisliiton ennen kaikkea kahteen leiriin. Karjalaiset kansanedustajat ja siirtoväen tukijat vaativat mahdollisimman täysiä korvauksia Karjalan evakoille menetetystä omaisuudesta. Heidän näkyvin johtajansa oli Juho Niukkanen, joka organisoi karjalaisedustajien painostusryhmän ja arvosteli hallituksen esitystä liian niukkana.
Hallituksessa toimivat maalaisliittolaiset ministerit joutuivat ottamaan huomioon valtion heikon taloudellisen tilanteen ja hallituksen yhteisen linjan. Erityisesti Juho Koivisto jäi vaikeaan asemaan puolueen vaatimusten ja hallituksen kompromissien väliin.
Puolueen eduskuntaryhmä tuki aluksi karjalaisten vaatimuksia ja asettui hallituksen esitystä vastaan. Tämä johti vakavaan sisäiseen ristiriitaan ja jopa hallituskriisin uhkaan. Kun pääministeri Jukka Rangell piti kiinni maltillisemmasta korvauslinjasta, maalaisliitto joutui lopulta taipumaan hallituksen enemmistön tahtoon.
Kiista näkyi myös puoluekokouksissa, eduskuntaryhmän kokouksissa ja myöhemmissä äänestyksissä, joissa osa maalaisliittolaisista äänesti puolueen enemmistölinjaa vastaan tai pidättyi äänestämästä. Karjalaiset kokivat korvaukset riittämättömiksi, ja puolueen johto pelkäsi tämän heikentävän siirtoväen luottamusta maalaisliittoon.